Los padres de familia solicitaron al Ministerio de Educación la creación del Centro Educativo y como tal el 27 de mayo de 1982 mediante la Resolución Directoral Zonal Nº 1526 fue creado nuestro Centro Educativo Nº 139 dentro de la Cooperativa Huancaray sito Av. Central S/N, al año siguiente en 1983 abre sus puertas con gran algarabía los Padres de familia y los alumnos vieron flamear nuestra bandera bicolor.
En las aulas de esteras inicio la labor pedagógica con 40 alumnos entre 1ro. y 2do., grado bajo la dirección titular profesor Asencio Rivera Castillo y la profesora Ana María Churiqui. Durante muchos años se desarrollaron las clases en aulas inadecuadas, se hizo trabajos comunales entre profesores y padres de familia para construir seis aulas de material noble; en esa época estuvo en la dirección el profesor Homero Peláez se jubiló en 1988, la administración de nuestro colegio fue dirigido por los profesores en forma de encargatura quienes con el apoyo de: docentes, padres de familia lograron un sitial prestigioso fueron:
Hugo Mumres, Luisa Serrano, Sara Guerra, Victor Aldoradin Palomino, cuando él cesa asumió la dirección Blanca Yataco Salvador, como Sub Directora profesora Claudia Asencios Garay entre los años 1996, 1997 y 1998.
Por los años 1994 – 1995 se construyó la moderna infraestructura obra ejecutada por INFES.
En 1991 bajo la dirección Esmelin Orbegoso Peña se logra la ampliación del nivel Secundaria mediante Resolución Directoral Nº 1380 del 27 de noviembre, las tres primeras promociones egresaron en 1996 que muchos de ellos están realizando estudios superiores.
En el año 1998 en el mes de mayo, llego el profesor Eutropio Espinoza Caqui como Director titular por haber ganado el concurso.
Año tras año los alumnos ingresan al colegio procedente de otras Instituciones Educativas que en la actualidad cuenta con 1800 alumnos entre primaria y secundaria, con más 36 años de existencia institucional, con 24 secciones del Nivel Primaria y 24 secciones nivel secundaria así mismo hay más de 50 docentes en ambos niveles, se cuenta con talleres de Industria alimentaria, taller de carpintería, Aulas A.I.P. y C.R.T., Logros ganados ECE 2012 6to. Puesto ECE 2013 3er puesto. El año 2015, por concurso Nacional de Directores, ingreso un nuevo equipo directivo: Director: Lic. Valentín Ernesto Cabello Vargas, Mg. Dulia Alvarez Ayte, Sub Directora Nivel Primaria, Lic. Erenio Eracledes, Milla López Sub Director de secundaria, en el año 2017 se logra por parte de la municipalidad de San Juan de Lurigancho y con el apoyo de los padres de familia la construcción del TOLDO para el patio de la I.E., así mismo el pintado de la fachada interior y exterior, a fines del 2017 la I.E. 139 “Gran Amauta Mariátegui” en el campeonato magisterial femenino (Voley) a nivel de todos los colegios de San Juan de Lurigancho obtiene el primer puesto coronándose campeón. En el año 2018 la dirección estuvo a cargo del Mg. Rodrigo Riveros Alarcón.
El año 2019, por concurso Nacional de Directores, ingresa a cargo de la dirección general de nuestra Institución se encuentra la Mag. Luisa Verónica LAHUANA POMA.
